【裁判要旨】对备案的建设工程施工合同的付款进度变更约定，应当认定对备案合同的实质性变更。实际结算应当以备案的建设工程施工合同为准。（2013）民申字第2496号
 【基本案情】发包方盈佳公司与承包方宏泰公司签订《建设工程施工合同》约定，涉案工程四个标段的工程款分别为758.4万元、756万元、715万元、370万元。付款方式为工程基础至三层盈佳公司不支付工程进度款，主体三层完成后，盈佳公司无条件支付三层以下的进度款，以后采取按工程月进度付款，付款额为所报进度的85%。工程竣工验收合格后，付工程合同总价的97%，留3%作为保修金。该建设工程施工合同已经备案。之后双方又签订补充协议，约定工程总造价为2072万元（暂控）。付款方式为工程进度款拨至工程总造价（暂控价）的85%时，盈佳公司停止拨款，宏泰公司确保工程竣工并交付使用。设计变更和技术签证及余款待工程交付使用后三个月内进行结算，审定完毕后，除保修款和劳保统筹费（5%）外，两个月内一次性付清余款。
 【审判】上述事实表明，补充协议形成了对《建设工程施工合同》的实质性变更。按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称建设工程司法解释）第二十一条“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”的规定，二审判决以经备案的《建设工程施工合同》为工程款结算依据并无不当。